Вы закрываете пруд, как я понял, пленкой поверх воды и, тем самым, лишаете рыб кислорода. Это и есть причина гибели молоди (старые караси более устойчивы к дефициту кислорода). Если хотите, чтобы молодь росла, попробуйте не закрывать сплошь, а, например, покрыть всю поверхность воды крупными кусками пенопласта - он вмерзнет в лед, а подо льдом (и пенопластом, соответственно) будет воздушная прослойка, которая не даст рыбам задохнуться.
В Томске, на озерах города, там, где есть такая возможность, чтобы избежать замора рыбы, делают такую простую штуку: осенью, когда лед будет определенной толщины, сливают немного воды (сантиметров 15-20), тем самым искусственно образуют воздушный зазор между льдом и водой. Может и Вам такой вариант подойдет.